MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Coding Repeats of Coxiella burnetii RSA 331 plasmid QpH1

Total Repeats: 554

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010115	TA	3	6	181	186	50 %	50 %	0 %	0 %	161789077
2	NC_010115	AG	3	6	255	260	50 %	0 %	50 %	0 %	161789077
3	NC_010115	T	8	8	429	436	0 %	100 %	0 %	0 %	161789069
4	NC_010115	CAT	2	6	510	515	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161789069
5	NC_010115	CAT	2	6	546	551	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161789069
6	NC_010115	TTCA	2	8	589	596	25 %	50 %	0 %	25 %	161789069
7	NC_010115	CAA	2	6	721	726	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161789069
8	NC_010115	TCTT	2	8	823	830	0 %	75 %	0 %	25 %	161789069
9	NC_010115	ACC	2	6	855	860	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	161789069
10	NC_010115	CCATCA	2	12	866	877	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	161789069
11	NC_010115	ATA	2	6	962	967	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161789069
12	NC_010115	TCTTA	2	10	1057	1066	20 %	60 %	0 %	20 %	161789069
13	NC_010115	T	6	6	1098	1103	0 %	100 %	0 %	0 %	161789069
14	NC_010115	TTC	2	6	1138	1143	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161789069
15	NC_010115	GCA	2	6	1146	1151	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161789069
16	NC_010115	AAT	2	6	1152	1157	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161789069
17	NC_010115	A	7	7	1159	1165	100 %	0 %	0 %	0 %	161789069
18	NC_010115	ATT	2	6	1216	1221	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161789069
19	NC_010115	GCC	2	6	1278	1283	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	161789069
20	NC_010115	TAA	3	9	1314	1322	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161789069
21	NC_010115	GGC	2	6	1328	1333	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	161789069
22	NC_010115	T	6	6	1363	1368	0 %	100 %	0 %	0 %	161789069
23	NC_010115	ATAA	2	8	1375	1382	75 %	25 %	0 %	0 %	161789069
24	NC_010115	ATC	2	6	1393	1398	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161789069
25	NC_010115	TTA	2	6	1421	1426	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161789069
26	NC_010115	TTG	2	6	1518	1523	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161789069
27	NC_010115	ATC	2	6	1534	1539	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161789069
28	NC_010115	AAT	2	6	1566	1571	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161789069
29	NC_010115	CAG	2	6	1578	1583	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161789069
30	NC_010115	TCA	2	6	1626	1631	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161789069
31	NC_010115	A	6	6	1995	2000	100 %	0 %	0 %	0 %	161789101
32	NC_010115	AAT	2	6	2282	2287	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161789108
33	NC_010115	ATC	2	6	2354	2359	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161789108
34	NC_010115	ATT	2	6	2420	2425	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161789108
35	NC_010115	GAT	2	6	2539	2544	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161789108
36	NC_010115	CCG	2	6	2617	2622	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	161789108
37	NC_010115	TG	3	6	2983	2988	0 %	50 %	50 %	0 %	161789105
38	NC_010115	GAT	2	6	3006	3011	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161789105
39	NC_010115	TAA	2	6	3062	3067	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161789105
40	NC_010115	TTAA	2	8	3369	3376	50 %	50 %	0 %	0 %	161789100
41	NC_010115	TAA	2	6	3404	3409	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161789100
42	NC_010115	TAA	2	6	3426	3431	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161789100
43	NC_010115	AGG	2	6	3442	3447	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	161789100
44	NC_010115	T	7	7	3460	3466	0 %	100 %	0 %	0 %	161789100
45	NC_010115	CTT	2	6	3564	3569	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161789067
46	NC_010115	TATT	2	8	3570	3577	25 %	75 %	0 %	0 %	161789067
47	NC_010115	A	6	6	3686	3691	100 %	0 %	0 %	0 %	161789067
48	NC_010115	TGG	2	6	3736	3741	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161789067
49	NC_010115	GAA	2	6	3779	3784	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161789067
50	NC_010115	TCC	2	6	3806	3811	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	161789067
51	NC_010115	CGC	2	6	3824	3829	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	161789067
52	NC_010115	A	6	6	3844	3849	100 %	0 %	0 %	0 %	161789067
53	NC_010115	TAT	2	6	3952	3957	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161789067
54	NC_010115	ACA	2	6	3976	3981	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161789067
55	NC_010115	TCG	2	6	4086	4091	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161789067
56	NC_010115	TTG	2	6	4107	4112	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161789067
57	NC_010115	AGC	2	6	4123	4128	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161789067
58	NC_010115	TAA	2	6	4150	4155	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161789067
59	NC_010115	T	6	6	4218	4223	0 %	100 %	0 %	0 %	161789080
60	NC_010115	A	6	6	4226	4231	100 %	0 %	0 %	0 %	161789080
61	NC_010115	TTA	2	6	4249	4254	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161789080
62	NC_010115	TTA	2	6	4306	4311	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161789080
63	NC_010115	GAA	2	6	4321	4326	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161789080
64	NC_010115	ATC	2	6	4577	4582	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161789096
65	NC_010115	A	6	6	4652	4657	100 %	0 %	0 %	0 %	161789096
66	NC_010115	ATT	2	6	4659	4664	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161789096
67	NC_010115	TTCTCT	2	12	4691	4702	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161789096
68	NC_010115	GGT	2	6	5257	5262	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161789084
69	NC_010115	ATA	2	6	5370	5375	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161789084
70	NC_010115	GAA	2	6	5396	5401	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161789084
71	NC_010115	CTC	2	6	5450	5455	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	161789084
72	NC_010115	AAG	2	6	5475	5480	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161789084
73	NC_010115	CTT	2	6	5487	5492	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161789084
74	NC_010115	GAAC	2	8	5543	5550	50 %	0 %	25 %	25 %	161789084
75	NC_010115	T	6	6	5607	5612	0 %	100 %	0 %	0 %	161789084
76	NC_010115	AACTAA	2	12	5662	5673	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	161789084
77	NC_010115	TTAAC	2	10	5687	5696	40 %	40 %	0 %	20 %	161789084
78	NC_010115	AAT	2	6	5715	5720	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161789093
79	NC_010115	AAC	2	6	5729	5734	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161789093
80	NC_010115	AAG	2	6	5751	5756	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161789093
81	NC_010115	A	6	6	5866	5871	100 %	0 %	0 %	0 %	161789093
82	NC_010115	AG	3	6	5896	5901	50 %	0 %	50 %	0 %	161789093
83	NC_010115	A	6	6	5966	5971	100 %	0 %	0 %	0 %	161789093
84	NC_010115	TAT	2	6	6100	6105	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161789093
85	NC_010115	TGG	2	6	6143	6148	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161789093
86	NC_010115	GGA	2	6	6168	6173	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	161789093
87	NC_010115	TTC	2	6	6192	6197	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161789093
88	NC_010115	ATT	2	6	6230	6235	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161789093
89	NC_010115	AGGAAG	2	12	6242	6253	50 %	0 %	50 %	0 %	161789093
90	NC_010115	GAA	2	6	6256	6261	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161789093
91	NC_010115	CTC	2	6	6319	6324	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	161789093
92	NC_010115	ATT	2	6	6410	6415	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161789093
93	NC_010115	AGA	2	6	6438	6443	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161789093
94	NC_010115	TAT	2	6	6462	6467	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161789093
95	NC_010115	GAA	2	6	6481	6486	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161789093
96	NC_010115	TTA	2	6	6515	6520	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161789093
97	NC_010115	TGA	2	6	6579	6584	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161789093
98	NC_010115	GAA	2	6	6604	6609	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161789093
99	NC_010115	T	6	6	6641	6646	0 %	100 %	0 %	0 %	161789093
100	NC_010115	AAGA	2	8	6686	6693	75 %	0 %	25 %	0 %	161789093
101	NC_010115	A	8	8	6695	6702	100 %	0 %	0 %	0 %	161789093
102	NC_010115	CTT	2	6	6722	6727	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161789093
103	NC_010115	GC	3	6	6935	6940	0 %	0 %	50 %	50 %	161789104
104	NC_010115	A	8	8	6962	6969	100 %	0 %	0 %	0 %	161789104
105	NC_010115	GCC	2	6	6980	6985	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	161789104
106	NC_010115	CGA	2	6	6998	7003	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161789104
107	NC_010115	CTT	2	6	7007	7012	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161789104
108	NC_010115	AAG	2	6	7014	7019	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161789104
109	NC_010115	A	6	6	7043	7048	100 %	0 %	0 %	0 %	161789104
110	NC_010115	A	7	7	7076	7082	100 %	0 %	0 %	0 %	161789104
111	NC_010115	GGA	2	6	7153	7158	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	161789104
112	NC_010115	AGC	2	6	7164	7169	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161789104
113	NC_010115	AT	3	6	7175	7180	50 %	50 %	0 %	0 %	161789104
114	NC_010115	A	6	6	7181	7186	100 %	0 %	0 %	0 %	161789104
115	NC_010115	CTT	2	6	7209	7214	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161789104
116	NC_010115	ATA	2	6	7216	7221	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161789104
117	NC_010115	CGG	2	6	7222	7227	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	161789104
118	NC_010115	TCA	2	6	7244	7249	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161789104
119	NC_010115	TTAC	2	8	7273	7280	25 %	50 %	0 %	25 %	161789104
120	NC_010115	GAA	2	6	7293	7298	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161789104
121	NC_010115	GGA	3	9	7340	7348	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	161789104
122	NC_010115	A	7	7	7395	7401	100 %	0 %	0 %	0 %	161789104
123	NC_010115	GGA	2	6	7442	7447	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	161789104
124	NC_010115	AGA	2	6	7535	7540	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161789104
125	NC_010115	AGC	2	6	7555	7560	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161789104
126	NC_010115	AACT	2	8	7598	7605	50 %	25 %	0 %	25 %	161789104
127	NC_010115	AAG	2	6	7636	7641	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161789104
128	NC_010115	GAA	2	6	7659	7664	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161789104
129	NC_010115	GAAAA	2	10	7685	7694	80 %	0 %	20 %	0 %	161789104
130	NC_010115	A	7	7	7691	7697	100 %	0 %	0 %	0 %	161789104
131	NC_010115	CGAC	2	8	7824	7831	25 %	0 %	25 %	50 %	161789104
132	NC_010115	TCC	2	6	7841	7846	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	161789104
133	NC_010115	TAG	2	6	7849	7854	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161789104
134	NC_010115	AG	3	6	7923	7928	50 %	0 %	50 %	0 %	161789104
135	NC_010115	TCGT	2	8	7945	7952	0 %	50 %	25 %	25 %	161789104
136	NC_010115	ATGG	2	8	7986	7993	25 %	25 %	50 %	0 %	161789104
137	NC_010115	A	6	6	7996	8001	100 %	0 %	0 %	0 %	161789104
138	NC_010115	TGT	2	6	8009	8014	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161789104
139	NC_010115	GCT	2	6	8034	8039	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161789104
140	NC_010115	TGAA	2	8	8065	8072	50 %	25 %	25 %	0 %	161789104
141	NC_010115	A	8	8	8085	8092	100 %	0 %	0 %	0 %	161789104
142	NC_010115	ATG	2	6	8094	8099	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161789104
143	NC_010115	A	6	6	8145	8150	100 %	0 %	0 %	0 %	161789104
144	NC_010115	CTTT	2	8	8152	8159	0 %	75 %	0 %	25 %	161789104
145	NC_010115	A	8	8	8171	8178	100 %	0 %	0 %	0 %	161789104
146	NC_010115	GAA	2	6	8256	8261	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161789104
147	NC_010115	AATT	2	8	8269	8276	50 %	50 %	0 %	0 %	161789104
148	NC_010115	A	7	7	8307	8313	100 %	0 %	0 %	0 %	161789104
149	NC_010115	AAG	2	6	8358	8363	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161789104
150	NC_010115	GCTG	2	8	8402	8409	0 %	25 %	50 %	25 %	161789104
151	NC_010115	AGAT	2	8	8452	8459	50 %	25 %	25 %	0 %	161789104
152	NC_010115	AG	4	8	8490	8497	50 %	0 %	50 %	0 %	161789104
153	NC_010115	GATAGT	3	18	8559	8576	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161789104
154	NC_010115	ATTTAA	2	12	8756	8767	50 %	50 %	0 %	0 %	161789088
155	NC_010115	TAA	2	6	8850	8855	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161789088
156	NC_010115	T	7	7	8857	8863	0 %	100 %	0 %	0 %	161789088
157	NC_010115	TGC	2	6	8870	8875	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161789088
158	NC_010115	TCT	2	6	8879	8884	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161789088
159	NC_010115	A	6	6	8893	8898	100 %	0 %	0 %	0 %	161789088
160	NC_010115	TTG	3	9	8911	8919	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161789088
161	NC_010115	GTT	3	9	8922	8930	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161789088
162	NC_010115	T	6	6	8932	8937	0 %	100 %	0 %	0 %	161789088
163	NC_010115	ATC	2	6	8962	8967	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161789088
164	NC_010115	TCT	2	6	8976	8981	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161789088
165	NC_010115	T	6	6	8995	9000	0 %	100 %	0 %	0 %	161789088
166	NC_010115	T	7	7	9133	9139	0 %	100 %	0 %	0 %	161789088
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169	NC_010115	GCAA	2	8	9286	9293	50 %	0 %	25 %	25 %	161789088
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171	NC_010115	TCA	2	6	9506	9511	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161789088
172	NC_010115	G	6	6	9535	9540	0 %	0 %	100 %	0 %	161789088
173	NC_010115	TGG	2	6	9550	9555	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161789088
174	NC_010115	TCAA	2	8	9557	9564	50 %	25 %	0 %	25 %	161789088
175	NC_010115	AAG	2	6	9586	9591	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161789088
176	NC_010115	T	8	8	9593	9600	0 %	100 %	0 %	0 %	161789088
177	NC_010115	TCA	3	9	9602	9610	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161789088
178	NC_010115	TTG	2	6	9679	9684	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161789065
179	NC_010115	TGT	2	6	9703	9708	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161789065
180	NC_010115	TTTG	2	8	9710	9717	0 %	75 %	25 %	0 %	161789065
181	NC_010115	A	6	6	9730	9735	100 %	0 %	0 %	0 %	161789065
182	NC_010115	TCGGC	2	10	9738	9747	0 %	20 %	40 %	40 %	161789065
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184	NC_010115	GC	3	6	9767	9772	0 %	0 %	50 %	50 %	161789065
185	NC_010115	CCG	2	6	9785	9790	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	161789065
186	NC_010115	C	6	6	9791	9796	0 %	0 %	0 %	100 %	161789065
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189	NC_010115	ATT	2	6	9988	9993	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161789065
190	NC_010115	ACA	3	9	9996	10004	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161789065
191	NC_010115	ATT	2	6	10008	10013	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161789065
192	NC_010115	ACC	2	6	10029	10034	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	161789065
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199	NC_010115	GAA	2	6	10583	10588	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161789065
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211	NC_010115	AAT	2	6	11657	11662	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161789089
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221	NC_010115	TTTAA	2	10	12104	12113	40 %	60 %	0 %	0 %	161789089
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234	NC_010115	GAAAGT	2	12	13154	13165	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	161789097
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241	NC_010115	A	7	7	14103	14109	100 %	0 %	0 %	0 %	161789083
242	NC_010115	CTT	2	6	14148	14153	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161789083
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246	NC_010115	TGAGTC	2	12	14275	14286	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	161789094
247	NC_010115	A	6	6	14304	14309	100 %	0 %	0 %	0 %	161789094
248	NC_010115	TTG	2	6	14634	14639	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161789082
249	NC_010115	CAT	2	6	14658	14663	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161789082
250	NC_010115	CTTTT	2	10	14726	14735	0 %	80 %	0 %	20 %	161789082
251	NC_010115	T	8	8	14732	14739	0 %	100 %	0 %	0 %	161789082
252	NC_010115	TCA	2	6	14745	14750	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161789082
253	NC_010115	TAA	2	6	14778	14783	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161789095
254	NC_010115	CCT	2	6	14840	14845	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	161789095
255	NC_010115	A	7	7	14895	14901	100 %	0 %	0 %	0 %	161789095
256	NC_010115	TCT	2	6	14908	14913	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161789095
257	NC_010115	ATT	2	6	14926	14931	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161789095
258	NC_010115	T	6	6	14976	14981	0 %	100 %	0 %	0 %	161789095
259	NC_010115	TCA	2	6	15020	15025	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161789095
260	NC_010115	CCT	2	6	15223	15228	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	161789070
261	NC_010115	GTG	2	6	15311	15316	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161789070
262	NC_010115	T	6	6	15373	15378	0 %	100 %	0 %	0 %	161789070
263	NC_010115	GCT	2	6	15424	15429	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161789070
264	NC_010115	CCG	2	6	15511	15516	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	161789068
265	NC_010115	TG	3	6	15551	15556	0 %	50 %	50 %	0 %	161789068
266	NC_010115	GGTT	2	8	15701	15708	0 %	50 %	50 %	0 %	161789068
267	NC_010115	GT	3	6	15755	15760	0 %	50 %	50 %	0 %	161789068
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269	NC_010115	CTTT	2	8	15812	15819	0 %	75 %	0 %	25 %	161789068
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